Iniciativa Atea está gobernada por su junta coordinadora, que es elegida en asamblea cada dos años. Si tienes alguna duda puedes consultar los estatutos.
| Cargo | Nick | Nombre | País | |
| Coordinador General | skeptic | España | ||
| Vicecoordinador General | Ambrose | España | ||
| Secretario General y Tesorero | Vitriólico | |||
| Vocal General | Curiosity | España | ||
| Vocal General | Shé | España |